Toutes les bonnes pratiques d'hygiène et de sécurité sont consignées dans "La Charte Oberweis" que chaque nouveau salarié signe et s'engage à respecter. Pour s'assurer de la bonne application de ces consignes, le personnel de la production comme celui de la vente suivent une formation après leur embauche.

Pour chaque création, des analyses microbiologiques permettent de tester la conformité du produit et de définir sa date limite de consommation. Des procédures sont établies pour la conservation de chaque produit et transmises à tous les magasins. Plus généralement, de nombreuses analyses sont faites chaque semaine sur les matières premières et les produits finis.

De multiples contrôles de la propreté des postes de travail et du matériel, des mains du personnel, de la température des vitrines réfrigérées mais aussi du respect de la chaîne du froid et de la chaîne du chaud, sont exécutés quotidiennement.

Dans le cadre du système qualité, sont consignés par écrit les modes de cuisson, les recettes, les procédures appliquées par chaque département (emballage, transport, production). Les étiquettes apposées sur les produits emballés précisent obligatoirement la liste des ingrédients ainsi que la date limite de consommation.